Hasta el siglo XI, el lugar pertenecía a los Alvarez de Santillana; por matrimonio, se vincula a Lope Iñiguez, uno de los primeros Señores de Bizkaia; tras un período de dependencia del monasterio de San Millán, será D. Lope Díaz de Haro quien para asegurar este enclave, situado en la ruta que enlazaba el norte de Burgos con el mar, la dota de Carta Fundacional de Villa en el 1287.

Su estructura urbana inacabada muestra que los derroteros históricos se movieron fundamentalmente por otros caminos, pues esta ruta castellana nunca tuvo la importancia de los caminos hacia Bilbao o Santander, y en todo caso, fueron otros núcleos más cercanos al mar, en Cantabria, quienes asumieron mayor protagonismo en esta vía menor (Ramales, Ampuero y el propio Laredo). Aquel valor geoestratégico inicial, ha sido esgrimido, por otras razones, en las inversiones de cierta importancia realizadas recientemente, con la llegada de la democracia y la Presidencia de José Mª Makua en la Diputación: Lanestosa es hoy un pueblo reurbanizado, agradable y cuidado a la vista, un poco artificial comparativamente al menos, respecto al resto de las Encartaciones.

La estructura gótica de tres calles paralelas al río y tres transversales es reconocible aún, deslavada por crecimientos "arrastrados" por el peso del camino o carretera, hasta el punto de que los elementos urbanos de referencia (plaza, iglesia, Ayuntamiento) están fuera de la trama original.

Hay una imagen urbana en torno a la iglesia, con casas de galería y balconadas, plaza y puente del viejo camino. Con algunas casonas y palacetes como la Casa Colina, edificada en el 1763, composición clasicista-barroca de pórtico abierto que conserva encachados de piedra y decoraciones originales, a pesar de su transformación en varias viviendas, y algunas otras posteriores, coincidentes en torno a finales del XIX, vinculadas a renteros y emigrantes de América.

Y hay otra imagen, conservada en el tiempo, de ese Lanestosa inacabado; una imagen que podemos visualizar a partir del caserío en C/ Mirabueno 1, datada a finales del XVI y que ejemplifica la vivienda de la zona, de tipología cántabra, muros o antas salientes, cuadras a bajo y vivienda arriba con balconera corrida sobre potentes vigas; pasear este calle hasta el final ilustra la imagen actual de lo que debían ser manzanas de parcela gótica nunca construidas. Los altos muros de piedra son un recordatorio de una historia interrumpida.